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高通量測序中心開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
2019-11-14 | 【     】【打印】【關閉

  單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年《Science》雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息,而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境,將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學、腫瘤微環境等領域的研究利器。

  2019年11月12日,Nucleic Acids Research在線發表了中科院生物物理所高通量測序中心題目為“SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes”的論文,發布第一個單細胞空間轉錄組數據庫及數據在線可視化平臺。SpatialDB系統收錄了來自5個物種由8種空間轉錄組技術產生的數據,建立了空間轉錄組數據分析處理流程,實現了空間轉錄組數據的在線可視化,同時提供了空間差異表達基因及其功能富集分析的注釋。

 

  SpatialDB的開發工作主要由中國科學院生物物理研究所高通量測序中心(http://159.226.118.31/CHTS/)完成。該中心于2014年在陳潤生院士領導下成立,至今已累計為所內外數十個課題組和單位提供了超過1.5萬機時的高通量測序服務。除了提供常規測序服務之外,中心順應測序技術發展方向,不斷開發新技術新方法,努力建成創新型測序中心。中心建立并優化了低起始量文庫制備、單鏈DNA文庫制備等實驗技術,開發了高通量測序數據分析和可視化新方法,申請發明專利2項,并已授權。為滿足研究所單細胞測序需求,中心近期引進了10x Genomics單細胞文庫制備系統,能夠提供21種單細胞測序服務。2019年9月10x Genomics公司推出了空間轉錄組測序服務,中心與10x Genomics中國代理公司建立合作,共同提供空間轉錄組技術服務。高通量測序儀價格昂貴且更新換代速度快,長期被國外公司壟斷,為解決高通量測序儀“卡脖子”問題,中心于2019年初引進了國產高通量測序儀,在保證測序質量和產出量的同時,測序成本也降到了國外測序儀的水平。為了更好的提供高通量測序服務,中心舉辦了常規技術講座,對有特殊需求的用戶提供專門的技術支持。關于高通量測序中心的更多信息,請訪問中心網站:http://159.226.118.31/CHTS/ 

  中國科學院生物物理研究所陳潤生院士、陳小偉高級工程師為本文共同通訊作者。中國科學院生物物理研究所高通量測序中心范珍高級工程師為本文第一作者。感謝科學研究平臺韓玉剛主任和李雪梅副主任長期以來的幫助和支持。該文章獲得中國科學院關鍵技術人才項目、國家自然科學基金[31871307, 31801072, 31701122, 31520103905]和國家重點研發項目[2018YFA0106901]的資助。

  文章鏈接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz934/5622703 

  (供稿:陳潤生組 高通量測序中心)

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